法人成り後の税務調査【令和8年・2026年】｜個人と会社のどちらに来るか、何年分さかのぼるか、見られる7つのところ

Scope

法人成りの後は、個人の申告と会社の申告がそれぞれ調査の対象になる

個人事業主と、その人が設立した会社は、税金の上では別の納税者です。法人成りした年の前後には、次の申告がそれぞれ出ています。

実地の調査の前には、原則として、調査の開始日時・場所・目的・税目・期間・対象となる帳簿書類などが、調査を受ける納税者（個人または会社）に通知されます（国税通則法74条の9第1項）。

届出書で、個人の事業と会社が結びつく

個人の開業・廃業等届出書には「廃業の事由が法人の設立に伴うものである場合」の欄があり、設立した会社の名称・納税地・設立登記の日を書きます。会社の法人設立届出書（設立の日以後2か月以内）には「設立の形態」の欄があり、「個人企業を法人組織とした法人である場合」を選ぶと、個人企業のときの納税地が代表者の住所と同じかどうかも書きます。この2つの届出書で、個人の事業と会社が結びつきます。

何年目に調査が来るか

国税通則法が定めているのは、調査の手続（事前通知など）と、さかのぼれる期間です。国税庁は、調査の必要度が高い法人には実地調査を行い、申告内容に簡易な誤りが想定される法人には、書面照会・電話連絡・来署依頼による面接で申告書の自発的な見直しを求める「簡易な接触」を行っていると公表しています。

実地調査の件数は、申告件数のおよそ60分の1（約1.7％）にあたります。調査の件数は令和6年7月から令和7年6月までに処理を終えた調査、申告件数は令和6年度の申告の集計で、範囲が違う件数どうしの比です。

7 Points

個人と会社のつなぎ目で論点になる7つのところ

法人成りした会社の調査では、会社の帳簿に加えて、会社の取引とつながる範囲で個人の記録も確認されることがあります。法人税の調査では、会社に対して金銭の支払や物品の譲渡をする義務がある人や、会社から金銭の支払や物品の譲渡を受ける権利がある人にも、質問や帳簿書類の提出を求めることができ（国税通則法74条の2第1項2号ロ）、役員報酬を受け取る社長や、会社に売った資産の代金をまだ受け取っていない社長はこれに当たります。個人の申告そのものも、所得税の調査の対象です（同項1号イ）。

1. 売上と経費の切れ目——廃業日の前と後

廃業日までに引き渡しや役務の提供を終えた仕事の売上は個人の事業所得、その後に会社が行った仕事の売上は会社の益金です（所得税基本通達36-8）。入金が会社の口座でも、廃業日までに終えた仕事なら個人の売上です。請求書の名義、入金口座、引き渡し・完了の日がそろっているか、個人と会社の両方に入っている売上や、どちらにも入っていない売上がないかが確かめられます。廃業日をまたぐ月の家賃・通信費・カードの引落しも、どちらの経費かを日付で分けます。

2. 資産を移した価額——時価との差

在庫を通常の販売価額のおおむね7割未満で会社に売ると、時価との差額のうち実質的に贈与したと認められる額が、個人の事業所得の収入に加わります（所得税法40条1項2号、所得税基本通達40-2・40-3）。車や機械などは、時価の2分の1未満で会社に売ると、時価で売ったものとみなされます（所得税法59条1項2号、同法施行令169条）。会社の側では、時価より安く受け入れた差額が受贈益になり（法人税法22条2項）、時価より高く買えば、時価を超える部分が社長への給与と扱われることがあります（同法34条4項、法人税基本通達9-2-9(3)）。

▶ 資産ごとの時価の決め方、譲渡契約書に書くこと、個人と会社の仕訳の例は法人成りの資産・負債の引き継ぎで解説しています。

3. 廃業した年の経費の締め方

廃業した年の所得に課される個人事業税は、その課税見込額を廃業した年の必要経費に入れられます（所得税基本通達37-7）。見込控除をしなかった場合は、課税された後に、廃業した年の必要経費に入れて更正の請求をします。廃業した後に生じた、廃止した事業に係るほかの費用や損失も同じで、廃業した年（その年の所得から引ききれない分は前年）の必要経費になり、更正の請求は事実が生じた日の翌日から2か月以内です（所得税法63条・152条、同法施行令179条）。そのうえで、会社に引き継いだ後の費用が個人の経費に入っていないか、会社の経費と重なっていないかが確かめられます。

▶ 廃業日での帳簿の締め方と、個人事業税の申告・見込控除は法人成りした年の確定申告と廃業手続きで解説しています。

4. 個人名義のままの契約と、家事按分

事務所の賃貸借、車のリース、携帯電話などが個人名義のまま会社が払っている場合は、会社の業務に使っていることを、契約・使用の実態・精算の記録で示します。私的に使う部分まで会社が負担すると、その分は社長への給与（経済的な利益）と扱われます（法人税法34条4項、法人税基本通達9-2-9）。個人事業のときの家事按分の割合をそのまま会社に持ち込まず、会社の業務に使う割合を、使用の実態にもとづいて決め直します。社長の住まいを会社が借りる場合は、社宅として社長に貸し、通常の賃貸料の額（所得税基本通達36-40・36-41）を基準に社長から家賃を受け取る方法があります。

▶ 社宅にする場合の家賃の計算は、役員社宅の家賃の決め方で解説しています。

5. 役員貸付金と役員借入金

会社が社長個人の支払を立て替えたままのものや、会社の口座から引き出した生活費は、社長が返す約束の貸付けとして処理するなら役員貸付金です。返す約束も返済の実態もなければ、会社が社長の個人的な費用を負担したものとして、社長への給与と扱われることがあります（法人税法34条4項、法人税基本通達9-2-9(10)）。貸付けにする場合、無利息や通常の利率より低い利率だと、通常の利率による利息との差額が社長への給与として課税されることがあります（所得税基本通達36-49、国税庁タックスアンサーNo.2606。差額が年5,000円以下などの例外があります）。会社が役員貸付金を放棄・免除すると、貸倒れに当たる場合を除いて、その額は社長への給与になります（法人税基本通達9-2-9(4)）。反対に、社長が会社に出したお金は、資本金として払い込んだ出資と、会社が返す借入金（役員借入金）を分けて記録します。設立の費用を社長が立て替えた分も役員借入金です。いつ・いくら・何のために出したかを、通帳と契約書で示せるようにします。

6. 役員報酬と源泉所得税

役員報酬は、事業年度の開始の日（1期目は設立の日）から3か月以内に決めた額を、毎月同じ額で払うと損金になります（法人税法34条1項1号、同法施行令69条1項1号イ）。期の途中で増やした分は、職制上の地位の変更などの臨時改定事由に当たる場合を除いて、損金に算入されません（同法施行令69条1項1号ロ）。家族を役員にした場合は、職務の内容や、同じ種類・規模の会社の支給状況などに照らして相当かどうかが見られます（法人税法34条2項、同法施行令70条1号）。役員報酬からは源泉徴収をして納めます（所得税法183条）。給与を受ける人が常時10人未満なら、承認を受けて年2回にまとめて納める納期の特例があり（同法216条）、承認を受けるまでは毎月納めます。

▶ 役員報酬の金額の決め方と、決めた額を記録する議事録は役員報酬の決め方で解説しています。

7. 消費税の判定と登録番号

会社の消費税の納税義務は、会社の基準期間・特定期間の課税売上高と、設立時の資本金などで判定します。資本金1,000万円以上で設立した会社は1期目から課税事業者です（消費税法12条の2）。原則として1期目の最初の6か月（特定期間）の課税売上高と給与の額がともに1,000万円を超えると、2期目から課税事業者になります（同法9条の2）。インボイスの登録番号は個人と会社で別なので、会社は会社で登録を受けます。2割特例は、法人は令和8年9月30日を含む課税期間までです。個人の側では、会社に売った在庫・車などが廃業した年の課税売上になり、私的に使うために残した在庫は家事消費として売上に入れます（同法4条5項1号）。

▶ 会社の免税の判定と、登録番号の切り替え、2割特例の扱いは法人成りと消費税・インボイスで解説しています。

After

指摘を受けたら——加算税と、個人・会社の両方の直し方

調査の結果、更正すべき点があると、調査官からその内容と理由の説明があります（国税通則法74条の11第2項）。修正申告を勧められるときは、修正申告を出すと不服申立てはできないが更正の請求はできることの説明があり、その旨を書いた書面が交付されます（同条3項）。直す点がなければ、その旨が書面で通知されます（同条1項）。

表は、期限内に申告した後の過少申告の場合です。無申告の場合や、重加算税を繰り返し課される場合などは別の割合です。このほかに延滞税も納めます（国税通則法60条）。帳簿を提示しなかった場合などの上乗せ（同法65条4項）も、上の表とは別です。

会社を直すと、個人の申告にも影響する

法人成りした会社の調査では、個人と会社の間で、売上や経費の帰属が動くことがあります。たとえば、廃業日の後に会社が行った仕事の売上を個人の売上に入れていた場合、会社の側で修正申告や更正があり、個人の側は払いすぎた所得税を更正の請求で取り戻します。更正の請求は、原則として法定申告期限から5年以内です（国税通則法23条1項）。会社に税務署の更正・決定があったときは、その翌日から2か月以内なら、5年を過ぎていても請求できる特例があります（同条2項2号）。この特例のきっかけは会社への更正・決定なので、会社が自分で修正申告をした場合は、5年以内に請求します。会社の法人税が増える修正申告や更正があったら、法人事業税・法人住民税も修正申告をします（地方税法72条の31第2項・3項、53条34項・35項、321条の8第34項・35項）。個人の住民税と事業税は、所得税の修正申告や更正の内容にあわせて直されます。